在科技與魔法對立的時代，崇尚科技的人們與信仰魔法的人們，將一塊大陸分為「科技帝國」與「魔法帝國」。為了展示自己擁有的是比對方更強大的力量，這兩個國家終年瘋狂的戰爭。

科技帝國不斷的研發新型武器，以及注入魔力即可驅動的武裝機器人。對帝國而言，能夠代替人們出戰的作品才有價值，無法出戰的失敗作品，只有被遺棄在國家外圍的命運。

魔法帝國則是利用強灌魔力在年輕的魔女體內的方式，將能夠承受魔力的魔女們一一編號，送上戰場，代替尊貴的國家出戰。這些被人民寄予希望的她們，被稱作魔法少女。

魔法少女雖然擁有強大的魔力，但除了魔法跟戰鬥之外什麼都不懂，也沒有特別的表情與情緒。她們就像武裝機器人一樣，是為了戰爭而活的存在。

某天，戰爭一如往常的持續。編號04的魔法少女在空中遭遇武裝機器人的猛烈攻擊，失手墜落在兩國的交界中心地帶。落地後的少女看到四周堆砌著滿坑滿谷的垃圾跟廢棄物，這些從來沒見過的景象，突然讓她有了「好奇」的情緒。

在廢墟遊蕩的途中，她發現一台躺在角落的機器人。這台機器人不只外型跟她戰鬥過的機器人完全不同，看起來還相當老舊而且殘破不堪。

少女將機器人小心翼翼的從垃圾堆中挖出來，並且擦拭乾淨，最後將自己的魔力注入機器人體內。這台機器人的底部寫著BoBo，她認為這就是機器人的名字。

少女試著跟機器人說話，發現它根本不像自己所知道的機器人那樣，是為了戰爭而存在的……。

從這天起，少女再也沒有回到自己國家。她幫自己取了個名字叫做Ho，開始跟機器人住在廢墟裏頭。對她來說，在裡面的生活每天都很新鮮，遠比在國家裡要快樂許多，直到魔法帝國知道了這件事……。

少女與機器人為了保衛自己「國家」而戰鬥的生活，從此展開。

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